Los primeros mozambiqueños fueron pequeños clanes dispersos de gentes nómadas, seguramente primos lejanos de los san, que ya recorrían el territorio hace 10 000 años. Apenas dejaron huella, y se sabe poco de esa época.
Hace unos 3000 años, pueblos de lengua bantú del delta del Níger (África occidental) empezaron a desplazarse por la cuenca del Congo. En el transcurso de los siglos llegaron al este y el sur del África, y hacia el s. I d.C. alcanzaron el actual Mozambique, donde se dedicaron a la agricultura, la pesca y la ganadería.
Muchos de estos antiguos pobladores se organizaron en pequeños cacicazgos, algunos de los cuales se unieron en estados o reinos más grandes como el de Karanga (Shona) en el centro de Mozambique; y el célebre Monomotapa, al sur y el oeste de la actual Tete.
El sur de Mozambique, poblado por los nguni y varios otros grupos, siguió descentralizado hasta el s. XIX, cuando bajo el poderoso reino de Gaza tuvo una cohesión política al menos nominal.
A la costa de África oriental empezaron a llegar navegantes árabes hacia el s. VIII. El comercio floreció, y los matrimonios mixtos con indígenas de habla bantú dieron lugar a la lengua y cultura suajili. En el s. IX ya se habían fundado varios asentamientos, como el de la isla de Kilwa (en la actual Tanzania), que pronto se convirtió en centro de las redes comerciales árabes de todo el África meridional. Otro fue Sofala, cerca de la actual Beira, que en el s. xv era la principal conexión de Kilwa con los viejos reinos shona y las minas de oro del interior. Otros de los primeros puertos y asentamientos costeros fueron los de la isla de Mozambique, Angoche, Quelimane y la isla de Ibo, todos regidos por sultanes locales.
En 1498 Vasco de Gama desembarcó en la isla de Mozambique de camino a las Indias. Una década después los portugueses ya se habían establecido en la isla y tomado el control de muchos otros puestos comerciales árabe-suajili, impulsados en parte por la necesidad de puntos de aprovisionamiento en la ruta marítima hacia el este y en parte por el deseo de controlar el comercio del oro con el interior.
En los dos siglos siguientes establecieron enclaves comerciales y fortalezas a lo largo de toda la costa, y la isla de Mozambique se convirtió en la capital de la llamada África Oriental Portuguesa. A mediados del s. XVI, el marfil sustituyó al oro como principal producto de comercio. A finales del s. XVIII, a esta lista se habían añadido los esclavos, con más de un millón de africanos vendidos a través de los puertos de Mozambique.
En el s. XVII, Portugal trató de reforzar su control mediante los prazos (grandes fincas agrícolas), concesiones de tierras de la Corona o arrebatadas a jefes locales.
El siguiente intento importante llegó a finales del s. XIX, al establecer compañías a las que la Corona daba en concesión un territorio para que explotaran sus recursos. Pero estas, que en realidad eran empresas privadas que operaban como feudos independientes, poco hicieron para consolidar el control portugués. Ante el inminente reparto de África decidido en la década de 1880, Portugal se vio obligado a reclamar sus territorios con más fuerza y en 1891 firmó con Gran Bretaña el tratado que formalizaba el control luso de la zona.
Uno de los hechos más relevantes de esta época fue la masiva migración de mano de obra de las provincias del sur de Mozambique a Sudáfrica y Rodesia (actual Zimbabue), debida a la ampliación de las minas de oro de Witwatersrand y a la opresiva legislación laboral aprobada para Mozambique en 1899, que dividía a su población entre não indígenas o assimilados (no indígenas o asimilados), con todos los derechos de la ciudadanía portuguesa, e indígenas, sujetos a la legislación colonial, forzados a trabajar, a pagar el impuesto de capitación y con limitada libertad de movimiento.
También hay que señalar la creciente importancia económica del sur del país. Al reforzarse los lazos con Sudáfrica, Lourenço Marques (la actual Maputo) ganó peso como puerto y canal de exportación, y a finales del s. XIX Portugal transfirió aquí la capital de Mozambique.
A finales de los años veinte, António Salazar llegó al poder en Portugal. Cerró las colonias a la inversión no portuguesa, abolió los prazos que quedaban y consolidó el control luso sobre Mozambique. En conjunto, las condiciones de los mozambiqueños empeoraron, y bastante.
Creció el descontento, y poco a poco surgió una conciencia nacionalista. En junio de 1960, un gran número de campesinos se reunió en Mueda (norte de Mozambique) para protestar pacíficamente por los impuestos; las tropas portuguesas dispararon sobre la multitud, con el resultado de muchas víctimas mortales. Esta masacre hizo que la población makonde local se politizara, uno de los detonantes de la lucha por la independencia. Recibieron apoyo externo de diversas fuentes, como del Gobierno de Julius Nyerere de la vecina Tanganika (hoy Tanzania). Tras una reunión de varias organizaciones políticas que en el exilio trabajaban por la independencia mozambiqueña, en 1962 se creó en Dar es Salaam (Tanzania) el Frente pela Libertação de Moçambique (Frelimo), dirigido por Eduardo Chivambo Mondlane.
El Frelimo estuvo plagado de divisiones internas desde el principio. No obstante, dirigido por el carismático Mondlane y operativo desde sus bases en Tanzania, logró dar estructura al movimiento de liberación y definir un programa de acción militar y política para conseguir su objetivo. El 25 de septiembre de 1964 Mondlane declaró el inicio de la lucha armada por la independencia nacional.
En 1969, Mondlane murió al abrir una carta bomba en su despacho de Dar es Salaam. El comandante en jefe del Frelimo, Samora Moises Machel, lo sucedió como presidente. Bajo Machel, el Frelimo amplió el área de operaciones hacia el sur. Los portugueses, entretanto, intentaron quitarle el apoyo rural mediante una política de tierra quemada y la reubicación de la población en una serie de aldeamentos (complejos de pueblos fortificados).
No obstante, los conflictos internos del imperio colonial portugués y las crecientes críticas internacionales minaron al Gobierno. En 1974, en una ceremonia en Lusaka (Zambia), Portugal acordó entregar el poder al Frelimo, y se estableció un Gobierno de transición. El 25 de junio de 1975 se proclamó la República Popular de Mozambique, con Samora Machel como presidente y Joaquim Chissano, miembro fundador de la élite intelectual del Frelimo, como primer ministro.
Los portugueses abandonaron el país de la noche a la mañana, dejándolo sumido en el caos, con pocos profesionales expertos y apenas infraestructuras.
El Frelimo, que de pronto se vio ante la tarea de dirigir el país, se lanzó a una política de cambios sociales radicales.
Pero el programa socialista del Frelimo demostró ser poco realista, y en 1983 el país se precipitaba a la bancarrota. Fue entonces cuando apareció en escena la Resistência Nacional de Moçambique (Renamo), un variopinto grupo fundado a mediados de los años setenta en Rodesia (actual Zimbabue) dentro de su política de desestabilización y luego mantenido con el apoyo de los militares sudafricanos y ciertos sectores de Occidente.
La Renamo carecía de ideología propia más allá de la total destrucción de la infraestructura social y de comunicaciones dentro de Mozambique y de la desestabilización de su Gobierno. Muchos comentaristas han señalado que lo que asoló al país durante los siguientes 17 años no fue una guerra civil sino la guerra entre el Gobierno del Frelimo y los patrocinadores externos de la Renamo. El reclutamiento era a veces voluntario pero a menudo forzoso. Se destruyeron carreteras, puentes, ferrocarriles, escuelas y hospitales, y se cometieron atrocidades a gran escala.
La sequía y la hambruna de 1983 machacaron el país. Ante la grave situación, el Frelimo abrió Mozambique a Occidente a cambio de ayuda.
En 1984, Sudáfrica y Mozambique firmaron el Acuerdo de Nkomati por el que Sudáfrica se comprometía a retirar su apoyo a la Renamo; y Mozambique, a expulsar al Congreso Nacional Africano (ANC) y abrir el país a la inversión sudafricana. Mientras Mozambique respetó el acuerdo, Sudáfrica aprovechó la situación al máximo, y la Renamo no redujo su actividad.
Samora Machel murió en un accidente de avión en 1986 en circunstancias sospechosas, sucediéndole el más moderado Joaquim Chissano. La guerra entre el Gobierno del Frelimo y los rebeldes de la Renamo prosiguió, pero a finales de los años ochenta el cambio político recorría toda la región.
La disolución de la Unión Soviética alteró el equilibrio político; y el nuevo presidente de Sudáfrica, F. W. de Klerk, dificultó la ayuda de los grupos derechistas a la Renamo.
A principios de la década de 1990, el Frelimo había abandonado su ideología marxista. Se acordó un alto el fuego, seguido de un acuerdo formal de paz en 1992 y de una campaña de desarme y desmovilización bajo supervisión de la ONU. Desde entonces, Mozambique ha logrado, con bastante éxito –al menos aparentemente–, superar su historia de guerra y transformar el conflicto militar en competición política. Cabe destacar la relativa calma en el cambio de la presidencia en el 2004, cuando Armando Guebuza (del Frelimo) fue elegido para suceder al veterano Joaquim Chissano (también del Frelimo). Guebuza fue reelegido cómodamente en el 2009.