Hay clínicas en las grandes ciudades, pero en líneas generales las instalaciones médicas del país tienen poca financiación y están mal equipadas. Los medicamentos sin receta (sobre todo marcas rusas) se encuentran en farmacias de Dusambé, Juyand, Penjikent y Khorog a un precio razonable, pero fuera de la capital no se garantiza su disponibilidad. Hay muy pocos oculistas, incluso en Dusambé.
Aparte de las consecuencias de las elevadas radiaciones solares en cotas altas, el problema de salud más importante es el mal de altura. Puede evitarse dedicando un tiempo a aclimatarse, durmiendo a altitudes cada vez mayores antes de emprender excursiones por encima de los 3000 m. Algunos medicamentos pueden aliviar los síntomas, pero la única cura para los casos graves es descender a cotas más bajas. De no recibir tratamiento, puede resultar mortal.
Dado el estado de las carreteras y la lejanía de algunas zonas, es necesario disponer de una cobertura completa para la conducción todoterrenos, el senderismo y los traslados médicos.
No es segura por la presencia de giardia lamblia, un parásito que causa diarrea y otras infecciones intestinales. Hay agua embotellada disponible por doquier.
Antes y durante el viaje recomendamos que cualquier información relacionada con seguridad, salud, trámites administrativos como la expedición de visados, etc. sea verificada con el Ministerio de Asuntos Exteriores del país del viajero.